「第16任總統副總統及第11屆立法委員選舉」於1月13日(星期六)舉行，投票時間自上午8時起至下午4時止，澎湖縣選舉委員會籲請年滿20歲國民攜帶本人身分證、印章及投票通知單到指定投票所投下神聖的一票，本次選舉6歲以下的兒童可隨同選舉人進入投票所，但不得有妨礙或擾亂之行為。
縣選委會表示，本次選舉人可領取3張選票，以顏色作區分，總統副總統選票－淺粉紅色、區域立委選票－淺黃色及全國不分區立委票－白色，投票時應以選委會製備的圈選工具圈選，勿在選票上簽名、蓋章、按指印，並將選舉票摺疊投入票匭，不得將圈選內容出示他人，請鄉親謹慎辨別並依規定進行投票，以保障個人投票權利。
縣選委會提醒，政黨及任何人不得於投票日以傳送簡訊方式(含Line、Facebook等通訊軟體)從事競選或助選活動，違反者，處新臺幣10萬元以上200萬元以下罰鍰。另外，投票日除執行公務外，不得攜帶行動電話或或具攝影功能之器材進入投票所，但已關閉電源之行動裝置，不在此限。違反者，處新臺幣3萬元以上30萬元以下罰鍰。縣選委會呼籲民眾杜絕賄選、發揮檢舉不法功能，全民反賄選，同心協力打擊賄選，讓賄選買票技倆法得逞，創造乾淨選舉環境，檢舉專線0800-024-099撥通後再按4。
為讓民眾快速正確獲得本次即時開票統計結果，當日下午4時起於選委會2樓禮堂（馬公市中正路113號）設置開票發布中心，提供現場開票資訊及選舉結果相關資訊。